La ricerca della verità da parte di Guglielmo da Baskerville in opposizione a quella dell'Inquisizione

La ricerca della verità è l'elemento di fondo della narrazione. A causa delle numerose morti che avvengono presso l'abbazia, Guglielmo da Baskerville, il quale era precedentemente inquisitore, tenta di risolvere il mistero di tutti questi omicidi, cercando indizi e facendo attenzione ai minimi particolari. Egli non si soffermava ad una superficiale analisi del contesto, ma lo scavava fino a trovare la vera risoluzione dell'enigma. La gran parte dei restanti religiosi, come per esempio Jorge da Burgos, sono conservatori e ritengono che la verità sia limitata a ciò che affermano le Sacre Scritture. Nel caso in cui si rendano conto che non sia così, tentano di celare qualsiasi cosa oltrepassi i dogmi della fede. Guglielmo stravolge il pensiero dell'Inquisizione e, per questa ragione, è mal visto da Bernando Gui, suo precendente collega. Secondo le procedure del tribunale eccelsiastico bastava riuscire a far confessare a chiunque esso sia di aver commesso i peccati, indipendentemente dalla sua reale colpevolezza. Ciò pone il lettore di fronte a due diverse concenzioni di verità, le quali sono tra loro contrastanti e sono opposte anche dal punto di vista della giustizia morale.